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    單細胞RNA測序中支原體污染的危害與防控

    點(diǎn)擊次數:1252   發(fā)布時(shí)間:2024/6/11 16:33:59

     

    在現代生物學(xué)和醫學(xué)研究中,單細胞RNA測序(scRNA-seq)已成為一種強大的工具,用于揭示細胞間的基因表達差異和細胞功能的復雜性。然而,在單細胞RNA測序的實(shí)驗過(guò)程中,支原體污染是一個(gè)不可忽視的問(wèn)題。

     

    一、支原體污染對單細胞RNA測序的影響

     

    支原體是一類(lèi)無(wú)細胞壁的原核生物,能在體外培養條件下生長(cháng)繁殖,并可能污染細胞培養物。在單細胞RNA測序中,支原體污染可能帶來(lái)以下影響:

     

    數據質(zhì)量下降:支原體污染可能導致細胞樣本中RNA的降解和污染,進(jìn)而影響測序數據的質(zhì)量和可靠性。這種污染可能導致基因表達水平的異常波動(dòng),使得研究人員難以準確解析細胞間的基因表達差異。

    結果解讀困難:支原體的基因組較小,但編碼的基因數量較多,且其基因表達可能與宿主細胞存在一定的相似性。因此,支原體污染可能導致測序結果中出現一些難以解釋的基因表達信號,給結果的解讀帶來(lái)困難。

    實(shí)驗失。涸趪乐匚廴镜那闆r下,支原體可能大量繁殖并導致細胞培養物的死亡,從而導致實(shí)驗失敗。

     

    二、避免支原體污染的重要性

     

    鑒于支原體污染對單細胞RNA測序的潛在影響,避免污染對于確保實(shí)驗成功和數據質(zhì)量至關(guān)重要。以下是避免支原體污染的重要性:

     

    提高數據可靠性:避免支原體污染可以確保測序數據的質(zhì)量和可靠性,從而更準確地揭示細胞間的基因表達差異和細胞功能的復雜性。

    降低實(shí)驗成本:避免污染可以減少因實(shí)驗失敗而導致的重復實(shí)驗和資源浪費,從而降低實(shí)驗成本。

    加速研究進(jìn)展:通過(guò)避免污染,研究人員可以更快地獲得可靠的數據,加速研究進(jìn)展,為生物醫學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展做出更大的貢獻。

     

    三、支原體污染的防控措施

     

    為了避免支原體污染對單細胞RNA測序的影響,需要采取一系列防控措施:

     

    嚴格篩選細胞來(lái)源:在獲取細胞樣本時(shí),應確保細胞來(lái)源的可靠性和清潔度,避免使用可能存在支原體污染的細胞株或組織。

    定期檢測細胞培養物:在細胞培養過(guò)程中,應定期對培養物進(jìn)行支原體檢測,及時(shí)發(fā)現并處理污染問(wèn)題。常用的檢測方法包括DNA熒光染色法、PCR法和培養法等。

    嚴格遵循無(wú)菌操作規范:在細胞培養和單細胞RNA測序實(shí)驗過(guò)程中,應嚴格遵循無(wú)菌操作規范,避免交叉污染和實(shí)驗室內部污染。

    使用支原體清除劑:在發(fā)現支原體污染時(shí),可以使用支原體清除劑進(jìn)行處理。這些清除劑能夠選擇性地殺死支原體而不影響宿主細胞的生長(cháng)和活力。

    加強實(shí)驗室管理:加強實(shí)驗室管理是預防支原體污染的重要手段。應定期對實(shí)驗室進(jìn)行清潔和消毒處理,并對實(shí)驗室內的設備和試劑進(jìn)行定期檢查和更新。使用實(shí)驗室環(huán)境專(zhuān)用的支原體祛除試劑——Mycoplasma Off,即用型噴霧,高效清除實(shí)驗環(huán)境中的支原體污染。

     

    原創(chuàng )作者:北京締一生物科技有限公司

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